חשיבה מערכתית עוסקת בהבנה של מערכות. ההבנה הזו חיונית מאוד כדי שכאשר אנו פועלים נוכל לזהות את הנקודות הקריטיות ולהתמקד בהן, וכן כדי לא לייצר נזקים בלתי רצויים בפעולה שלנו. עם זאת, החשיבה העשייה שונות מאוד זו מזו:
- חשיבה מערכתית נוטה להתבסס על יכולות אנליטיות (אנו מנתחים את המערכת) ואילו אמנות מערכתית היא מעשית ונוטה להיות ״אסתטית״.
- מורכבות מול פשטות – חשיבה מערכתית נועדה לאפשר לתאר את המורכבות ואילו אמנות מערכתית מבקשת להוביל מהלכים פשוטים שיש בכוחם לשנות את המערכת המורכבת.
- הוליסטיות מול מיקוד – חשיבה מערכתית עוסקת במכלול. אמנות מערכתית עוסקת במהלכים ממוקדים שיש בהם כדי להשפיע על המכליל.
ניתן לראות בהספד של הסופר ס. יזהר על משה דיין תיאור ספרותי של היכולת של מנהיגות להוביל אמנות מערכתית בזמן אמת:
תכונה אחת שׁייחדה אותו – ואף זו נתפרשה באופנים קוטביים – היתה יכולת ההכרﬠה המוחצת שלו (בצד רגﬠי ההססנות). בתוך מצב מסוכסך כיוונים, ידﬠ להצביﬠ על שתי הנקודות הﬠיקריות שבסבך, ועל הקו הקצר והישר שביניהן. ב"יומן מﬠרכח סיני׳׳ שלו, מספר משה דיין ﬠל פגישה ﬠם נספח צבאי צרפתי שבא להיװﬠץ בו ולתאם פﬠולה – משה דיין הציﬠ לו דרך קצרה ופשוטה, הקצרה והישרה מכל מה שﬠלה ﬠל דﬠת הצבא הצרפתי, ואיך נידהם אז אותו צרפתי ו"לא יכול היה להחליט אם מוצﬠ לו אבסורד או ביצת קולומבוס”
הרי זה הימור ﬠל חודו של סכין, בין תהום אפלה ובין הפתרון המבריק, כשבודקים מוצאים שלא היה כאן משחק קוביה, לא היסמכות ﬠל האינטואיציה, ולא הפקרות של נפש חסרת מﬠצורים – אלא, חשיבה מהירה ושיטתית, שיקול קר ומפוכח, לא בלי קשב לפחדים ולאתר אות הסכנה – והקצאת הקו הישר כמסקנה הכרחית, בין נקודות המוקד. ס. יזהר, דברים בערב זכרון למשה דיין 19.11.1981.